Historia Pałacu Zegrzyńskiego sięga 1847 roku. Wówczas to nowi właściciele Zegrza, ród magnacki Krasińskich, założyli folwark oraz wybudowali pałacyk w otoczeniu pięknego parku. W roku 1862 Jadwiga Krasińska wyszła za mąż za Macieja Radziwiłła wnosząc w posagu posiadłości zegrzyńskie wraz z pałacem do magnackiego rodu Radziwiłłów. Małżonkowie nie cieszyli sięjednak długo posiadłością, gdyż strategiczne położenie Zegrza, spowodowało, że władze carskie postanowiły w Zegrzu wybudować Twierdzę. Po decyzji cara Aleksandra III z dnia 9 czerwca 1889r. o budowie Twierdzy w Zegrzu Rosjanie wykupili części dóbr Zegrze wraz z sąsiadującymi polami.
Wykup terenu Zegrza od Jadwigi Krasińskiej miał charakter przymusowy, tym niemniej pozycja i funkcje pełnione przez jej męża Macieja Radziwiłła z pewnością ułatwiły transakcję i sprawiły, że zbycie ziemi nastąpiło na dogodnych warunkach finansowych za kwotę 300 000 rubli. Maciej Radziwiłł pełnił bowiem od 1884 r. funkcję szambelana dworu carskiego, a następnie wielkiegołowczego cara. Po zbyciu Zegrza, w 1902 r. za uzyskane pieniądze Radziwiłłowie wybudowalinowy pałacyk w pobliskim Jadwisinie.
W 1897 zakończono zasadnicze prace przy budowie Twierdzy. Kulminacyjnym momentem w historii budowy Pałacu Zegrzyńskiego była wizyta cara Mikołaja II w dniu 21 sierpnia 1897 r. Carowi towarzyszył minister wojny Piotr Wannowski. Wiele wskazuje na to, iż monarcha odwiedził Pałac Zegrzyński, który wówczas zaadoptowano na letnią rezydencję dowódcy Warszawskiego Rejonu Umocnionego oraz dowódców Twierdzy. Mieszkali w nim kolejno generałowie: Dmitrij Woroniec, Epifan Husakow, Aleksander Lebiediew, oraz Aleksander Pietrow. Stąd też w tamtych czasach Pałacyk Radziwiłłów nazywano również „Pałacem Generałów”.
Po odzyskaniu niepodległości, 28 listopada 1918 r. na dowódcę twierdzy został wyznaczony płk. artylerii Olgierd Pożerski, który korzystał z pałacyku Radziwiłłów, aż do chwili likwidacji twierdzna terenie Polski w 1921 roku.
W okresie II Rzeczypospolitej obiekty w Zegrzu były miejscem stacjonowania jednostek łączności oraz ośrodków kształcenia kadr i łączności. W 1919 roku utworzono w Zegrzu Obóz Wyszkolenia Oficerów Wojsk Łączności, później Centrum Wyszkolenia Łączności. Wówczas to w pałacyku zamieszkiwali komendanci ośrodków kształcenia. Teren parku wokół pałacu został starannie urządzony i zagospodarowany, wykonano tam aleje spacerowe, place zabaw i rekreacji oraz nasadzono wiele drzew, krzewów i kwiatów.
W 1959 roku Pałac Zegrzyński przekazany został w dzierżawę, wraz z terenem otaczającego go parku, Polskiej Agencji Prasowej, która urządziła tu Centrum Nadawczo-Odbiorcze, zbierające informacje prasowe z całego świata. Od września 2009 roku Pałac wraz z terenem parku należy do Centrum Kongresowego Warszawianka w Jachrance.
